Hiện kết quả chứng minh rằng, thời gian làm thủ tục hải quan điện tử cho các lô hàng xuất nhập khẩu giảm từ 30-50% so với hình thức cũ, đồng thời tạo điều kiện thuận lợi cho các DN thanh khoản hợp đồng gia công một cách nhanh chóng và chính xác.

Bên cạnh đó, DN cũng có thể tham khảo được các thông tin về phía hải quan (thông tin nợ thuế, chế độ, thủ tục hải quan mới nhất) để chủ động trong việc làm thủ tục hải quan... Nhờ vậy, công tác quản lý trong lĩnh vực hải quan được nâng lên một bước, chặt chẽ và chính xác hơn.

Tuy nhiên, do vẫn còn thiếu một căn cứ pháp lý đầy đủ cho các giao dịch thương mại điện tử nói chung; việc trao đổi dữ liệu giữa các Bộ, ngành còn hạn chế; cơ sở vật chất hạ tầng kỹ thuật của ngành hải quan còn chưa đồng bộ...; nhất là chưa có căn cứ pháp lý bắt buộc các DN phải thực hiện khai báo hải quan điện tử nên dẫn đến việc áp dụng còn gặp nhiều hạn chế, DN còn 'sợ' hình thức này.