Tuy nhiên, Linux vẫn thường được ca tụng là một nền tảng có độ bảo mật cao hơn. Lý do một phần vì lâu nay người ta vẫn cho rằng phần mềm mã nguồn mở là sản phẩm của nhiều người, có sự quan hệ qua lại giữa số lượng các chuyên gia phát triển phần mềm làm việc với mã nguồn và số lượng lỗi được tìm thấy và giải quyết. Trong chừng mực nhất định, nhận xét này có thể đúng song không đó không phải là cách tốt nhất để phát triển những phần mềm an toàn.

Một số báo cáo do các bên thứ ba thực hiện cũng đặt câu hỏi về mức độ an toàn thực sự của nền Linux. Chẳng hạn, một công trình nghiên cứu độc lập do Forrester tiến hành gần đây có tên gọi “Phải chăng Linux an toàn hơn Windows?”, đã chứng minh rằng bốn sản phẩm chủ yếu của Linux có số sự cố kỹ thuật và mức độ rủi ro cao hơn, trong khi lại chậm hơn so với Microsoft trong việc cung cấp các thông tin cập nhật về bảo mật. 

Cũng theo đánh giá của Forrester, Microsoft có thời gian ngắn nhất kể từ khi phát hiện ra nguy cơ lỗi phần mềm và việc công bố các giải pháp khắc phục. Trong giai đoạn 12 tháng được nghiên cứu, Microsoft đã giải quyết ổn thoả toàn bộ 128 lỗi bảo mật, đồng thời các thông báo cập nhật về an ninh đã ngăn chặn trước sự cố trung bình tới 305 ngày.

Những nguồn dữ liệu độc lập khác cũng cho thấy những kết luận tương tự. Theo các số liệu thống kê đăng tải trên website bảo mật có tên gọi Secunia, Red Hat Enterprise Linux 3 có trung bình 7,4 chuyên gia an ninh trong một tháng so với 1,7 chuyên gia an ninh dành riêng cho Windows Server 2003.

Như Yankee Group đã nhận xét trong nghiên cứu so sánh về TCO của Linux, UNIX và Windows, "Các loại sâu và virus máy tính có liên quan đến Linux cũng có sức phá loại mạnh như virus của các chương trình UNIX và Windows. Thậm chí, trong nhiều trường hợp, chúng còn có khả năng tàng hình tốt hơn".

Phát hiện này chính là yếu tố quyết định khiến cho farmaCity đã lựa chọn Windows chứ không chọn Linux. Là một công ty có trụ sở chính tại thành phố Buenos Aires, farmaCity đã phát triển một mạng lưới các cửa hàng thuộc rộng khắp trên toàn Argentina với 50 cửa hàng và 1.200 nhân viên. Mặc dù, tốc độ tăng trưởng nhanh chóng của farmaCity trong những năm gần đây là một bằng chứng về thành công của Công ty, cơ sở hạ tầng công nghệ già nua của Công ty đã trở thành lực cản trong nỗ lực mở rộng hoạt động hơn nữa. Sau khi phân tích thận trọng, farmaCity đã đi đến kết luận rằng Windows sẽ giúp làm giảm chi phí quản lý mạng khoảng 30% so với Linux, đồng thời sẽ giúp đơn giản hoá yếu tố nhận dạng và quản lý các máy tính để bàn.  Tuy nhiên, lý do chủ yếu để Công ty lựa chọn Microsoft chính là độ bảo mật ngày càng tăng, kết hợp với khả năng giảm 50% quỹ thời gian cần thiết để triển khai các biện pháp khắc phục, trong khi giảm được một nửa số thư rác điện tử.

Bồi thường

Một trong những nhân tố quyết định đến việc lựa chọn các phần mềm máy tính là khả năng bồi thường. Năm 2003, Microsoft đã xem xét lại các hợp đồng cấp giấy phép sử dụng theo số lượng để tiếp tục thoã mãn các nhu cầu của khách hàng. Một trong những vấn đề được đề cập đến là việc bồi thường các chi phí liên quan đến sáng chế. Các chi phí này được ấn định ở mức không vượt quá số tiền khách hàng đã trả để mua phần mềm. Cuối năm 2003, Microsoft đã bỏ các hạn chế này đối với những khách hàng mua quyền sử dụng giấy phép theo số lượng máy, bởi vì đây là đối tượng có nguy cơ tiềm tàng nhất trong các vụ kiện về quyền sở hữu trí tuệ.

Hiện nay, khi một khách hàng - có thể là doanh nghiệp hoặc tổ chức được cấp phép sử dụng phần mềm dựa trên số lượng máy tính sử dụng, từ một vài chiếc đến hàng nghìn chiếc cấp phép sử dụng một sản phẩm của Microsoft, chúng ta sẽ giành sự bảo vệ không hạn chế mức tối đa cho những chi phí pháp lý có liên quan đến một vụ kiện về bằng sáng chế, bản quyền, nhãn hiệu hàng hoá hoặc bí mật thương mại mà trong đó, sản phẩm của Microsoft bị cáo buộc là vi phạm quyền sở hữu trí tuệ. Chúng ta làm điều này bởi vì Microsoft luôn tự hào về những sản phẩm của mình và hiểu rằng việc trở thành bên có lỗi trong một vụ kiện về bằng phát minh phần mềm có thể gây thiệt hại cho khách hàng hàng triệu USD và làm gián đoạn nghiêm trọng hoạt động kinh doanh của khách hàng.

Trong khi đó, không có một nhà cung cấp nào sẵn sàng đứng sau Linux để cung cấp sự đảm bảo đầy đủ về quyền sở hữu trí tuệ. Trong thực tế, rất hiếm có trường hợp, một phần mềm nguồn mở lại cung cấp cho khách hàng bất kỳ sự đảm bảo hoặc bồi thường nào.

Chắc chắn đây là một nhân tố để Regal Entertainment Group - tập đoàn hiện đang quản lý nhiều rạp chiếu bóng nhất trên thế giới phải cân nhắc đến. Năm 2001, Tập đoàn đã chuyển sang sử dụng phần mềm Red Hat Linux. Sau khi dành vài tháng để đánh giá hoạt động kinh doanh của Linux, cuối cùng, Tập đoàn đã quyết định chuyển sang sử dụng phần mềm Microsoft không chỉ do chi phí thấp hơn, sự hỗ trợ và các dịch vụ đi kèm tốt hơn, độ tin cậy và khả năng quản lý cao hơn, mà còn do đã nhận được từ Microsfot sự đảm bảo đầy đủ và chắc chắn về quyền sở hữu trí tuệ. J.E. Henry, Giám đốc CNTT của Tập đoàn Regal Entertainment cho biết: "Rủi ro được giảm bớt là một nhân tố quyết định trong việc lựa chọn Windows chứ không phải Linux. Chúng tôi cần giảm đến mức tối thiểu nguy cơ dính dáng vào các vụ kiện về vi phạm quyền sở hữu trí tuệ, và chúng tôi đã có đủ nguồn mở để lo ngại. Với cách mà Microsoft đã làm để bảo vệ cho các sản phẩm của mình, tôi hoàn toàn có lý do để yên tâm về vấn đề quyền sở hữu trí tuệ khi sử dụng các sản phẩm của Microsoft."

Chuyển sang UNIX

Một trong những chủ đề nóng bỏng mà những người ra quyết định kinh doanh và ứng dụng CNTT tại các doanh nghiệp là chi phí và lợi ích của việc chuyển những hệ thống lập kế hoạch về nguồn lực kinh doanh của doanh nghiệp (ERP) từ môi trường UNIX tốn kém sang Windows hoặc các nền khác. ERP có khả năng tích hợp nhiều chức năng của công ty như quản lý nguồn nhân lực, hàng tồn kho, tình hình tài chính và gắn kết nhà sản xuất với nhà phân phối và khách hàng.

Một cuộc điều tra độc lập và có chất lượng được tiến hành đối với những tổ chức gần đây mới chuyển hệ thống SAP hay PeopleSoft ERP từ môi trường UNIX sang Microsoft Windows Server đã cho thấy số lượng các máy chủ cần đến đã giảm trên 20% so với UNIX. Cuộc điều tra do META Group tiến hành cũng chứng minh rằng trong một công ty viễn thông lớn, việc củng cố, tăng cường hệ thống phần mềm Windows sẽ cho phép giảm số lượng máy chủ trên 50%. 

Kết quả điều tra cũng cho thấy trong một số lĩnh vực như độ tin cậy, khả năng tiếp cận và phân cấp đã có sự cải thiện đáng kể; đồng thời đẩy mạnh tiết kiệm nhờ quản lý chi phí, giảm số lượng nhân viên CNTT, giám sát hiệu quả hoạt động, quản lý các nhà phân phối; giảm chi phí đào tạo và hỗ trợ kỹ thuật. Trên một nửa số người ra quyết định kinh doanh được hỏi ý kiến đã cho biết có sự cải thiện đáng kể về tính nhất quán, độ chính xác, hệ thống báo cáo. 

Trên cơ sở đó, META Group đã đi đến kết luận: "Hiện nay, Windows là lựa chọn hàng đầu cho phần lớn các dự án ERP". 

Một trường hơp nghiên cứu quan trọng là Tập đoàn Raiffeisen Bank Group - một ngân hàng tư nhân lớn nhất ở Áo với khoảng 2.600 chi nhánh. Tập đoàn này mong muốn giảm chi phí và cung cấp các dịch vụ khách hàng tốt hơn bằng cách giảm số lượng máy chủ tại các chi nhánh xuống chỉ còn một nửa. Raiffeisen đã cân nhắc khả năng chuyển từ UNIX sang Linux hoặc Windows. Sau khi đánh giá những giải pháp có thể lựa chọn, Tập đoàn đã nhận thấy Windows Server 2003 có thể cung cấp một giải pháp kinh tế nhất cùng với việc nâng cao hiệu quả hoạt động của họ, trong khi vẫn đảm bảo khả năng kiểm soát thông tin về khách hàng cần thiết để nâng cao chất lượng phục vụ.

Một trong số những khách hàng có quy mô trung bình cũng có bài học kinh nghiệm tương tự. Grand Expeditions là một tập đoàn sở hữu những công ty du lịch cao cấp. Tập đoàn đã giảm đáng kể các chi phí phát triển website và chi phí máy chủ, đồng thời tăng hiệu quả và độ tin cậy bằng cách chuyển từ việc sử dụng kết hợp các máy chủ chạy trên Linux - và UNIX sang chương trình Windows Server 2003 và Windows Server System. Hệ thống mới này được thiết lập và đưa vào vận hành chỉ trong vòng 60 ngày và giúp cho Grand Expeditions tiết kiệm 200.000 USD mỗi năm.