Báo cáo trước Quốc Hội, Chủ nhiệm Uỷ ban Khoa Học và Công nghệ Việt Nam Hô Đức Việt đã nên lên 5 khó khăn và thách thức của ngành công nghệ cao trong thời gian tới như: tụt hậu về trình độ, nguồn lực phát triển hạn hẹp, chưa triển khai ứng dụng nhiều trong thực tế... 

Một là, trình độ công nghệ cao và công nghiệp công nghệ cao của nước ta vẫn tụt hậu với khoảng cách khá xa so với nhiều nước trong khu vực và trên thế giới. Nếu không có giải pháp mạnh, hữu hiệu thì có nguy cơ tụt hậu xa hơn.

Hai là, công nghệ cao chưa là khâu đột phá, chưa tạo được những công nghệ đặc thù mang thương hiệu Việt Nam. Các kết quả nghiên cứu phần lớn chỉ dừng lại ở quy mô phòng thí nghiệm, rất ít được triển khai trên thực tế. 

Ba là, rất chậm trong tổ chức thực hiện những chủ trương đã có. Có thể nêu ra nhiều ví dụ về sự chậm chạp này như việc triển khai xây dựng khu công nghệ cao Hoà Lạc, khu công nghệ cao TP HCM; đổi mới cơ chế chính sách... một khối lượng khá lớn các công việc được kết luận tại Hội nghị trung ương 6 (khoá IX) chưa hoàn thành. 

Bốn là, quản lý nhà nước về khoa học và công nghệ nói chung, về công nghệ cao nói riêng nói riêng chưa thoát khỏi cơ chế bao cấp để thích ứng với cơ chế thị trường định hướng xã hội chủ nghĩa; cơ chế quản lý, chính sách phát triển chậm đổi mới, chưa gắn kết kinh tế với khoa học và công nghệ để kích cầu cho sự phát triển công nghệ cao. 

Năm là, nguồn lực cho sự phát triển công nghệ cao còn quá hạn hẹp. Chúng ta còn thiếu nhiều cán bộ có trình độ công nghệ cao, đặc biệt là thiếu tri thức trong việc chuyển từ kiến thức thành công nghệ, từ kết quả nghiên cứu trong phòng thí nghiệm thành quy trình sản xuất công nghiệp công nghệ cao.